中國水產科學研究院是農業部直屬的綜合性漁業科研機構，擔負著漁業重大基礎、應用研究和高新技術產業開發研究的任務，著力解決漁業發展中的基礎性、方向性、全局性、關鍵性重大科技問題，在科技興漁、培養高層次研究人才、開展國內外漁業科技交流與合作等方面發揮著重要的作用。2016年，中國水產科學研究院入選“國家創新人才培養示范基地”。
全院按照海區、流域和專業布局，共有直屬研究所9個，增殖實驗站4個，與地方共建了5個研究機構，分布于全國12個省、市。院機關在北京，內設13個職能處室和5個業務中心。截至2015年底，全院共有在編在職職工2255人，其中科技人員1900人，高級專業技術職務人員743人，占科技人員總量的近40%；擁有碩士及以上學位的科技人員比例達54%。擁有中國工程院院士2名，院首席科學家31名，國家級、部級有突出貢獻專家28名，享受政府特殊津貼專家25名，“新世紀百千萬人才工程”國家級人選8名，農業科研杰出人才22名。擁有博、碩士生導師395名。
全院擁有國家實驗室1個、國家地方聯合工程實驗室1個、2個國際參考實驗室、11個部級重點實驗室、9個部級科學觀測試驗站、6個省級重點實驗室、7個省級工程技術研究中心、14個院重點實驗室、14個院工程技術研究中心、95個院功能實驗室、7個部級水產品質量安全風險評估實驗室、10個國家級和部級質量檢測中心、6個國家水產品加工技術研發中心及分中心、2個國際水產技術培訓中心、2艘千噸級海洋科學調查船和37個科研試驗基地。
建院以來，全院共取得各類科研成果3700多項，獲省部級以上科技獎勵680多項，其中國家級獎勵58項。全院以占全國水產科研單位約20%的科技人員，取得了占全國水產行業50%以上的國家獎和省部級獎勵，為我國漁業快速發展和漁民持續增收做出了重要貢獻。